1963 yılında Van’da doğdu. Van İmam-Hatip Lisesi’ni 1980 yılında, U.Ü. İlahiyat Fakültesi’ni ise Haziran 1984’te birincilikle tamamladı. Ekim 1984’te Din Eğitimi Anabilim Dalı Araştırma Görevlisi olarak, mezun olduğu U.Ü. İlahiyat Fakültesi’ne atandı. 1986 yılında Yüksek Lisansını, 1992 yılında Doktorasını tamamladı. Askerlik vazifesinin ardından aynı fakültede görevine devam etti. Ekim 1995’te Din Eğitimi Anabilim Dalı’nda Doçent ünvanını aldı. Şubat 2001 tarihinde ise profesörlüğe yükseltildi. 1995-1998 yılları arasında Din Eğitimi Anabilim Dalı Başkanlığı, 1998-2003 yılları arasında ise Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Bölüm Başkanlığı görevlerini yürüttü. Bu süre zarfında Fakülte ve Yönetim Kurulu üyeliklerinde bulundu. Halen, U.Ü. İlahiyat Fakültesi, Din Eğitimi Anabilim Dalı öğretim üyesi olarak görevine devam etmektedir. Evli ve üç çocuk babası olup, Arapça ve İngilizce bilmektedir. Prof. Dr. Mehmet Emin Ay, 18 Kasım 2011’de Bursa İl Müftülüğü’ne atandı. 1993-1995 tarihlerinde yürüttüğü ve Uludağ Üniversitesi Rektörlüğü ile Diyanet İşleri Başkanlığı tarafından desteklenen “Diyanet İşleri Başkanlığı’na Bağlı Bölge Yatılı Kur’an Kurslarının Problemleri ve Beklentileri” adlı Araştırma Projesini başarıyla tamamladı. 1995-2011 yılları arasında, görev yaptığı Din Eğitimi Anabilim Dalı’nda dört Doktora, ondört Yüksek Lisans öğrencisine danışmanlık yaptı. 1996 yılında iki meslektaşıyla birlikte kısa adı İREM olan İlahiyat Fakültesi Rehberlik ve Danışma Merkezi’ni kurdu. Gerçekleştirdiği akademik ve idari çalışmaları sebebiyle U.Ü. İlahiyat Fakültesi Dekanlığı tarafından, 2003 yılı Türkiye Bilimler Akademisi (TÜBA) Sosyal Bilimler Alanında Teşvik Ödülü’ne aday gösterildi.Son olarak 2010 yılında A.Ü. Açıköğretim Fakültesi İlahiyat Önlisans Programı’nda, Din Eğitimi ve Din Hizmetlerinde Rehberlik adlı ders kitabının hazırlanmasında bölüm yazarlığı ve editörlük görevini üstlendi.1986 yılından bu güne kadar, gerek TRT gerekse diğer televizyon ve radyo kanallarında pek çok programda yapımcı, sunucu ve misafir olarak bulundu. Akademik çalışmaları yanında, ilgilendiği Tasavvuf Musikîsi ve Klasik Türk Musikîsi alanlarında 1988 yılından itibaren geçen süreçte, sayısı altmışbeşe ulaşan besteleriyle müstakil olarak 20 albüm yaptı. Bestelerinden bir kısmı yerli ve yabancı birçok sanatçı tarafından da seslendirildi. Müzik alanındaki çalışmalarından dolayı Edebiyat Sanat ve Kültür Araştırmaları Derneği (ESKADER) tarafından 2009 Yılı Müzik Ödülü’ne layık görüldü.Prof. Dr. Mehmet Emin AY, Diyanet İşleri Başkanlığı tarafından 2008 yılında gerçekleştirilenKur’ân-ı Kerim Hatm-i Şerifi adlı İnteraktif CD çalışmasında Türkçe Meâli seslendirme göreviyle de görevlendirildi.

Adıgeçen çalışmalar yanında, üç kez Kur’ân-ı Kerim hatim kaydı gerçekleştirdi. 1993 yılında okuduğu ilk kayıtlar kaset olarak yayınlandı ve sadece ülkemizde değil, Balkanlarda, Uzakdoğu’da, Amerika ve diğer Avrupa ülkelerinde uzun yıllar dinlendi. Aynı kayıtlara, Mürşid veKütüb-i Sitte adlı bilgisayar programlarında da yer verildi. 2005 yılında sesli-görüntülü olarakKur’an-ı Kerim Hatm-i Şerifi adıyla hazırlanan kayıt ise 2006-2011 yıllarında, TRT’nin farklı kanallarında Ramazan ayı boyunca “Mukabele” olarak yayınlandı.

Yayınlanmış Eserleri:

1. Çocuklarımıza Allah’ı Nasıl Anlatalım?

2. Ailede ve Okulda İdeal Din Eğitimi.

3. Yükseköğretimde Rehberlik.

4. Problemleri ve Beklentileriyle Türkiye’de Kur’an Kursları.

5. Din Eğitiminde Mükafat ve Ceza.

6. Şefkat Peygamberi.

7. Peygamberimizin Aile Hayatı

8. Peygamberimizin İnsanlarla İlişkileri

9. Biricik Peygamberim ve Çağındaki Çocuklar.

10. Der Prophet und die Kinder.

11. Eğitimde Ölçme ve Değerlendirme (Yrd.Doç.Dr.Mustafa Öcal ile birlikte)